بخش درمان ناباروری بیمارستان خاتم الانبیاء یکی دیگر از مراکز مجهز و فعال در تهران است. مهم‌ترین فعالیت‌های این بخش عبارتست از: ارزیابی و درمان ناباروری در زنان و مردان، تزریق داخل سیتوپلاسمی اسپرم (ICSI) (میکرو انجکشن، تلقیح داخل رحمی (IUI)، فریز جنین و اسپرم (Freezing)، آزمایشات آندرولوژی و اسپرموگرام، اهداء جنین و تخمک، تعیین جنسیت (در بیماری‌های وابسته به جنس)، تعیین ناهنجاری‌های ژنتیک قبل از انتقال جنین، هیستروسکوپی و لاپاراسکوپی تشخیصی و جراحی، تست الکترواجاکولیشن، تست ویبراتور، تست رژی اسکن (NPT) جهت بررسی اختلالات در ناتوانی جنسی، تست هچینگ با لیزر. مرکز درمان ناباروری بیمارستان خاتم الانبیا (ص) عضو کمپین خانواده، تولید مثل و فرزندپروری است. مرکز درمان ناباروری بیمارستان خاتم الانبیا (ص) آمادگی خود را برای اجرای برنامه‌های آموزشی، مشاوره و تشخیص رایگان زوجینِ معرفی شده توسط کمپین اعلام کرده است.