مرکز درمان ناباروری بیمارستان طالقانی یکی دیگر از مراکز مجهز و پیشرفته در این حوزه است. بخش نازایی و IVF مرکز پزشکی، آموزشی و درمانی آیت‌الله طالقانی از سال ۱۳۸۴ فعالیت خود را آغاز کرده است. این بخش دارای کلینیک‌ها، آزمایشگاه‌ها و اتاق عمل‌های فوق تخصصی برای ارائه خدمات به شرح زیر است: ویزیت و معاینه خانم‌ها، ویزیت و معاینه آقایان، مشاوره زوجین نابارور،مشاوره جهت حفظ باروری در خانم‌ها و آقایان، مشاوره سقط مکرر و و درمان‌های ناموفق قبلی،مشاوره روانپزشکی،مشاوره ژنتیک، سونوگرافی واژینال،سونوگرافی ابدومینال،سونوگرافی سه‌بعدی جهت بررسی آنومالی‌های مولرین، سونوگرافی داپلر و بررسی توده‌های آدنکسال، یستروسکوپی تشخیصی و درمانی، لاپاراسکوپی تشخیصی و درمانی،فریز اسپرم،فریز تخمک،فریز جنین،کلینیک شکست مکرر لانه گزینی (RIF) و سقط مکرر.همه اقدامات تشخیصی و درمانی این بخش تحت نظارت اساتید مجرب و با سابقه دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی و تحت حمایت طرح تحول سلامت انجام می شود.