بیمارستان شهید دکتر لبافی نژاد به دنبال بازگشائی دانشگاهها و متعاقب انقلاب فرهنگی در سال ١٣٦٠ شروع به کار نمود، و بتدریج با فراهم شدن امکانات و تجهیزات و با جذب نیروهای پزشکی متعهد و متخصص که بدنبال پیروزی انقلاب اسلامی جهت خدمت به کشور بازگشته بودند به روند رو به رشد خود تا به امروز ادامه داده است.
در همان ابتدا شروع فعالیت این مرکز درمانی، با توجه به شرایط خاص جنگ تحمیلی، رسیدگی به امور مجروحین جنگی و کمک به مصدومین شیمیایی در اولویت نخست کاری قرار گرفت. به نحوی که عمدتاً تختهای بیمارستان به مداوی مجروحین جنگی اختصاص یافته و این روند تا ایام پایانی جنگ تحمیلی ادامه داشت .
همزمان با راه اندازی بیمارستان مقدمات الحاق آن به سیستم آموزشی نیز فراهم شد. ابتدا این مرکز زیر مجموعه مجتمع آموزشی وزارت بهداری بود و سپس به دانشکده طالقانی و متعاقباً به دانشکده پزشکی قدس ملحق شد و در آخر به دنبال تشکیل وزارت بهداشت درمان وآموزش پزشکی به‌عنوان یکی از بیمارستانهای آموزشی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی شناخته شد. در حال حاضر این مرکز از بیمارستانهای ملکی سازمان تأمین اجتماعی به‌شمار می‌رود ، اما از نظر آموزشی همچنان زیر نظر دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی در حال فعالیت می‌باشد.
مرکز پزشکی، آموزشی و درمانی شهید دکتر لبافی‌نژاد با تلاش‌ همکاران در تمام بخش‌های بیمارستان، از نظر آموزشی مورد تأئید دبیرخانه شورای پزشکی و تخصصی قرار گرفته است. آموزش در تمامی رده‌های تحصیلی شامل تربیت دستیار تخصصی و فوق تخصصی ، تحصیلات تکمیلی، کارآموز و کارورز در لیست برنامه‌های این مرکز قرار دارد. این راهبرد سبب شده است که امروز به لطف پروردگار و مساعدت اساتید و متخصصان متعهد، گامی بزرگ و استوار در راه پیشبرد اهداف علمی و آموزشی برداشته و این مرکز به یکی از بزرگترین مراکز آموزشی دانشگاهی کشور تبدیل شود. مرکز پزشکی ، آموزشی و درمانی شهید دکتر لبافی‌نژاد در زمینه آموزش متخصصان در رشته‌های تخصصی ارولوژی، چشم‌پزشکی، داخلی، عفونی، بیهوشی، رادیولوژی، پاتولوژی و پزشکی هسته‌ای و در رشته‌های فوق تخصصی نفرولوژی، قرنیه، اندویورولوژی، یورولاپاروسکوپی، ریه، ویتره و رتین، پیوند کلیه، اکولوپلاستیک، ارولوژی اطفال و گلوکوم فعال می‌باشد.