علل ناباروری بسیار متفاوت است و از علل عفونی مانند سل دستگاه تناسلی تا علل مادرزادی، داروها، ضربه و مشکلات غددی محتمل است.
بعضی از دلایل ناباروری در مردان عبارتند از: بیماری‌های دوران کودکی مثل جراحی‌هایی که اطراف بیضه انجام می‌شود، بالا بودن بیضه و بیماری واریکوسل (به عنوان شایع‌ترین عامل ناباروری که قابل درمان است)، اختلالات هورمونی به صورت اختلال در هورمون‌های هیپوفیز یا هورمون‌های جنسی، رشد نامناسب بیضه‌ها، اختلالات ژنتیک مثل کوچک بودن بیضه، برخی عفونت‌های مزمن که در عملکرد بیضه اختلال ایجاد می‌کند مثلاً «سل» که لوله‌های انتقال دهنده اسپرم را از بین می‌برد، برخی داروها، برخی عفونت‌های دستگاه تناسلی مثل سوزاک به شرطی که موجب تنگی مجرا شود و مانع خروج شود و بیماری‌های تب‌دار طولانی مدت که بر نطفه‌سازی تأثیر می‌گذارد علت آن است که اسپرم در بیضه در درجه حرارتی پایین‌تر از درجه حرارت بدن فعالیت پیدا کند و این حرارت بالا و طولانی مدت باعث از بین رفتن اسپرم‌ها شود.