بخش قلب وریه مرکز طبی در ضلع غربی ساختمان شماره دو واقع شده است. بخش قلب در ابتدا فعالیت خود را در كنار بخش گوارش آغاز نمود و در نهایت در سال ۱۳۹۰ به صورت بخش مستقل به ساختمان جدید منتقل گردید. آموزش بالینی در سطوح مختلف شامل دوره کار آموزی، کارورزی، دستیاری تخصصی کودکان، دستیاری فوق تخصصی قلب کودکان و نیز دوره های فلوشیپ اکو کاردیو گرافی به صورت میهمان ارائه می شود. هر ساله تعداد یک تا دو نفر فوق تخصص قلب کودکان از این بخش فارغ التحصیل شده اند. فعالیت های آموزشی بخش شامل درمانگاه های آموزشی، آنژیوگرافی تشخیصی و مداخله ای، اکو کاردیوگرافی، نوار قلب، هوولتر نوار قلب به صورت روزانه، برگزاری جلسه مشترک با جراحان قلب، برگزاری ژورنال کلاب، کنفرانس و جلسه مورتالیتی است.
در این بخش خدمات درمانی به کودکان مبتلا به بیماریهای مادرزادی و اکتسابی قلب ارائه می شود. خدمات ارائه شده به صورت درمانگاه های صبح و عصر و بخش بستری می باشد.